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發展慈濟人文特色的醫學教育、創新研究及落實「醫教合心、院校一體」為醫學院發展之三大主軸。

(1) 發展慈濟人文特色的醫學教育:

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發揚慈濟「無語良師」的大愛精神:
重視典範學習、實踐志工服務,營造慈濟特色的人文學習環境,以培育具3C能力(compassion同理, caring關懷, cure療癒)的醫療專業人才。
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多元創新的教學與評量:
根據本校及醫學院的宗旨與教與目標,協助各系、所訂定課程實踐其教育目標,重視以「學生為中心」的教學,鼓勵創新或引進多元互動的教學與評量方法,例如PBL、團隊導向學習(TBL)、客觀結構式臨床技能測驗(OSCE)、迷你臨床測驗(mini-CEX)等等,以啟發學生思考、分析與解決問題的能力,達到更有效的教學成效。
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加強教師成長中心的功能:
配合醫學教育改革,協助精進教師生涯發展,增進教師教學與研究之能量與成就。
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深化教學品質保證機制:
透過院系所主管會議、課程規劃委員會等會議,邀請學生與校外專家參與課程之規畫、執行、修訂或改革,定期檢討各學系之教學成效。
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推展跨領域教育研究團隊:
推動跨領域教育(IPE)、培養跨專業醫療服務能力的醫學專業人才。
(2) 發展慈濟特色的創新研究

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固本培元:
鞏固重視各系所之研究教師與人才,積極爭取研究資源與增添新進儀器,提供優質的研究環境;並積極延攬熱心、優秀的研究人才加入,以提升本院之研究能量。
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培育新芽:
強化各研究所碩博士班之研究能量,並與中央研究院建立博士學位學程、規劃設置多元的MD-PhD博士學位學程或其他醫學-碩士(MD-Master)學位學程,或與國家衛生研究院等機構策略聯盟,計畫性的培育新生代的研究人才,以向下紮根、提升本院研究之創新與品質。
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建立大學醫學院及醫療志業的資源整合平台:
善用已建構之「慈濟醫療志業醫學教育暨研究管理委員會」平台,促進大學、醫學院、生科院及醫療志業各醫院間不同領域的基礎與臨床醫學研究資源與能量的提升。
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擴展國際學術交流:
擴展與中國及國際知名大學、醫學院、或醫學中心建立學術合作的機制,例如簽署平等互惠的交換學生、訪問學者、雙聯學制、研究生共同指導等策略。
(3) 融合慈濟四大志業,落實「醫教合心、院校一體」:

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善用慈濟四大志業體在慈善、醫療、教育與人文的豐沛資源與力量,建立可長可久的合作機制,以深化慈濟特色的醫學教育與研究。
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持續推動大學、醫學院及醫療志業醫院間教學與研究的緊密合作,發揮良知良能,以實踐上人期許的「醫教合心、院校一體」。
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