慈濟大學創校於1994年10月，成立之初始於醫學院，秉持著佛教「慈悲喜捨」的精神，以培育具人性關懷、重視誠正信實，能體現以人為本、視病猶親的慈濟人文精神，具體實踐「守護生命、守護健康、守護愛」的使命。
慈濟醫學院創辦開始從三系一所的醫學系、醫學技術學系、公共衛生學系、護理學研究所開始，發展到目前設有九個學系、十個碩士班，包括醫學系及下設二個碩士班生物醫學碩士班、藥理暨毒理學碩士班等，並設置三個博士學位學程包括醫學科學研究所博士班、醫學系藥理暨毒理學博士班及轉譯醫學博士學位學程(與中央研究院合辦)。
醫學院目前學生人數共達一千六百餘人、各級教師約二百五十人，醫學院的任務也從培養醫療照護的醫師、中醫師、護理師、醫檢師、物理治療師、公共衛生及醫學資訊等專業人士，隨著碩、博士班研究所的發展，培育醫師科學家、生物醫學、公共衛生、護理與醫學資訊等高階研究人才也成為醫學院的重要使命。