慈濟大學創校於1994年10月，成立之初始於醫學院，秉持著佛教「慈悲喜捨」的精神，以培育具人性關懷、重視誠正信實，能體現以人為本、視病猶親的慈濟人文精神，具體實踐「守護生命、守護健康、守護愛」的使命。
醫學院創辦初期由醫學系、醫學技術學系、公共衛生學系及護理學研究所等三系一所起步，歷經多年發展，逐步擴展教學與研究領域。2023年9月，教育部核准本校設立六年制藥學系，並於2024年8月正式招收第一屆新生。另於2024年8月1日，慈濟大學與慈濟科技大學正式合併為「慈濟大學」，院系組織亦同步調整，原護理學系及醫學資訊學系改隸其他學院，醫學院新增醫學放射學系。目前醫學院設有醫學系、學士後中醫學系、醫學檢驗生物技術學系、公共衛生學系、分子生物暨人類遺傳學系、物理治療學系、藥學系、醫學影像暨放射科學系等學系，以及多個碩、博士班，持續培育兼具專業知識與人文素養的醫療及研究人才。
醫學院目前學生人數共計一千二百餘人，各級教師約二百五十人。醫學院肩負培育醫師、中醫師、藥師、醫事檢驗師、物理治療師、醫事放射師、公共衛生等醫療專業人才的重要使命；隨著碩、博士班及跨領域研究的持續發展，也積極培育醫師科學家、生物醫學、公共衛生及其他醫學相關領域的高階研究人才，致力於結合教學、研究與服務，落實守護生命與促進全民健康的教育理念。