＊學院宗旨
培育以人為本，兼具慈濟人文服務精神之醫療照護及生醫研究的專業人才，承擔「守護生命、守護健康、守護愛」的目標。
＊教育目標
培養具備實踐慈濟人文、思辨分析、團隊合作、終身學習，並與時俱進的醫療專業及生醫研究之專業人才。
＊發展願景
發展具有慈濟人文特色的醫學教育，成為教學卓越、研究優質的典範醫學院。
＊目標規劃
慈濟大學歷經證嚴上人及歷任校長、院長及師生的共同耕耘，已逐漸孕育出慈濟特有的人文精神，配合慈濟大學定位為以教導培育為基礎，重視利他人文的典範大學，本院將以醫學教育與醫學研究為發展主軸，鼓勵教學、研究的創新與整合。
配合102年醫學系6年新學制的成立，推動醫學教育改革，重視以「學生為中心」的教學，整合人文、基礎與臨床醫學的合作，發展跨領域的教學、鼓勵創新並發展多元的教學策略(如PBL、TBL等)與評量(如OSCE、mini-CEX等)，以啟發學生思考、分析、解決問題的能力和團隊合作的精神。我們尊重教師在教育上的重要樞紐角色，加強教師增能、協助教師生涯發展，並建立教學品質的保證機制。 研究是創造知識的重要途徑，服務更是慈濟志工精神的核心，醫學院除了重視教學，也不忘研究與服務的重要性。整合醫學院及慈濟醫療志業的研究資源，積極延攬優秀研究人才，發展重點特色研究，例如轉譯醫學、癌症、心血管疾病、幹細胞與原住民健康促進等議題；推動建立與中央研究院、國家衛生研究院等機構合作，成立碩博士學位學程，並擴展國際學術交流，以逐步提升、強化本院特色醫學研究之能量。
此外，結合慈濟四大志業體在慈善、醫療、教育與人文的豐沛資源與力量，建立合作機制，感受慈濟志工「付出無所求」的服務熱忱與大愛，以實踐上人期許的「醫教合心、院校一體」。
