卓越的醫學教育
持續精進醫學教育的改革，以成果導向的教育（Outcome-Based Education）為方針，創新與整合為原則，重視以「學生為中心」的教學，訂定核心能力，發展多元教學策略與多元評量，有效提升學生學習成效。
融合醫學與慈濟人文
發揮無語良師的利他與大愛精神，將醫學與慈濟人文完美融合。
重視老人醫學與健康促進之教學與研究
因應台灣急速邁向的老人化社會，一方面重視全人醫療的人才培育，並同時發展健康促進與預防醫學的教學與研究。
發展特色領域的醫學研究
整合醫學院系所的各類基礎、臨床與人文的研究團隊，發展具特色領域或東台灣特有議題的研究，例如轉譯醫學、癌症、心血管疾病、幹細胞與原住民健康促進等。
擴展國際學術交流
與國際知名醫學院建立學術合作的機制，例如建立正式平等互惠的交換學生計畫。
建立教學與研究品質的保證機制
優質的教學與研究，除了要有良好的規劃、更需要有效的執行力，才能貫徹與保證教學與研究品質。