大學部
以培養具有慈悲喜捨精神，醫術精良，尊重生命，以人為本之良醫作為本系成立之宗旨。期望培養悲天憫人，視病如親的醫護人才，提升與促進台灣東部的醫療資源與醫學教育，不僅守護東台灣人民的健康、更以增進全民健康福祉為目標。
以慈悲喜捨之精神，為社會培育「尊重生命，以人為本」，懷抱濟世助人理念，實踐志工服務精神的優秀人才。培養學生具備以下八大核心能力：1、臨床護理知識與技能。2、基礎生物醫學科學知識。3、溝通與合作。4、思辨分析。5、關愛。6、倫理素養。7、克盡職責。8、終身學習。
因發展理念與地處東部之故，「偏遠地區醫療衛生議題」與「原住民健康」遂成本系主要之發展重點。期許學生具備評估、發展與執行改善方案的能力，並能有效地動員資源來管理經營公共衛生事務。
培育具備廣泛一般知識與人文素的人才，學門專業發展趨勢為使學生具備良好語文能力、豐富的人文素養、專業醫學檢驗能力及生物技術能力，同時具備執行實驗能力以及分析與解讀數據的能力。
結合人工智慧與大數據，透過邊緣運算、穿戴裝置、智慧晶片、資訊安全、生物資訊，推動醫療科技的發展，促進智慧醫療。應用資通電科技於醫療及健康領域，發展智慧醫療及智慧晶片。
本系培育兼具工程及生物醫學跨領域知識與實作經驗之高階生物醫學工程師。致力於創新與加強臨床醫療治療、診斷、照護工作，整合臨床、教學與研究資源，對於我國在生醫產業的應用發展將有莫大助益。
課程內容針對以下三大目標設計：1、整合物理治療、基礎及臨床醫學知識提供病患全方位之專業服務能力。2、培育具有專業技能、基礎行政及研究能力、醫學倫理之物理治療師。3、培育獨立思考及終身學習之能力。
培育具備分子生物暨人類遺傳基礎知識及實驗操作能力之人才，以「生物科技及精準醫學」、「專業選修」等發展重點領域，規畫適切於學士班學生修習之專業課程、相關實驗或實習課程，提供學生實際操作實驗的學習機會。
教育目標：1、培育兼具藥學專業與慈濟人文素養；具備關懷生命與大愛利他精神高品格藥師。2、提昇東部地區藥學專業，改善東部藥事人力，保障國人用藥安全。3、培育善於溝通、勇於承擔、重視團隊合作並終身學習能力之藥師。
本系中西醫基礎與臨床師資完備，自創系以來教學特色即為中西醫並重，除著重中醫基礎及臨床教學外，並配合現代醫學教育，以問題為導向之課程，加強實證醫學的訓練，以達到中醫為軸西醫為輔之臨床診斷與治療。